Algorithmus für Zellen gesucht

[cuchulainn]

Hallo,

vielleicht kann mir hier jemand helfen. Ich habe von der Pathologie der Unikliniken in Homburg eine Aufgabe für eine Studienarbeit bekommen. Im ersten Schritt soll ich Algorithmen für folgendes Problem suchen:
Schnittpräparate von einer Dicke bis höchstens 1 mm werden digitalisiert, so dass sie am Rechner untersucht werden können. Die Zellen werden vorher gefärbt, so dass sie klar unterscheidbar sind. In der Realität liegen die Zellen sehr nah beieinnander, aber bei der Digitalisierung wird dies nicht realisiert, da die Zellumrisse von Hand nachgefahren werden. Nun sollen die Zellen im Programm so einander angenähert werden, dass die Realität nachgebildet wird. Bei den Zellen handelt es sich um geschlossene Konturen.
Ich soll nun nach Algorithmen suchen, die diese Aufgabe realisieren können. Die Positionsdaten der einzelnen Zellen sind in einer XML-Datei gespeichert. Ein erster Ansatz sind die "Katzenhaare". Dies sind Normalvektoren, die nur eine bestimmte Länge in die anderen Zellen eindringen dürfen. Dies sollte gut programmierbar sein, allerdings soll ich noch nach weiteren Algorithmen suchen. Hat jemand eine Idee für einen Algorithmus?

Gruß

Cuchulainn

[DarkTom]

Ich hab's jetzt mehrfach gelesen und immer noch nicht ganz verstanden. Reden wir von einem 3D-Problem (die einzelnen Schnitte werden zusammengesetzt) oder nur 2D?
Wenn die Zellen nah beieinander sind, aber von Hand umfahren werden, heisst das, dass die digitalisierten Zellen überlappen? Und das soll dann korrigiert werden? Und wie macht sich so eine Überlappung bemerkbar? Da müssten sich dann ja die Farben mischen? Ansonsten ist es eh nicht mehr nachvolziehbar, es sei denn, die Zellen hätten feste geometrische Strukturen (z.B. Kreisform), wovon ich aber nicht ausgehe.

Die Positionsdaten der einzelnen Zellen sind in einer XML-Datei gespeichert.D.h. du hast gar keine Bilddaten, sondern Polygone? Und Farben wohl auch nicht mehr?


Da sind noch zu viele Fragen offen, als dass man dir helfen könnte.

[MichiK]

Kannst du mal paar Beispielbilder reinstellen ?
Dieses Problem (Registrierung) ist nicht trivial.
Der erste Schritt ist mal die Herstellung einer Beziehung zwischen den einzelnen Frames.
Der nächste Schritt wäre dann eine Segmentierung, in 2D oder auch 3D
Der dritte dann die Rekonstruktion der 3D Strukturen, kann auch mit Schritt 2 einhergehen.